Відповідно до статті 155 Закону України «Про судоустрій і статус суддів» організаційне забезпечення роботи суду здійснює його апарат, який очолює керівник апарату.

Безпосереднє керівництво апаратом суду здійснює керівник апарату суду, який забезпечує організацію роботи структурних підрозділів суду, працівників апарату суду, їх взаємодію у виконанні завдань, покладених на апарат суду, та несе персональну відповідальність за належне організаційне забезпечення суду, суддів та судового процесу, функціонування автоматизованої системи документообігу суду.

Керівник апарату суду є керівником державної служби в суді і здійснює повноваження, що визначені в Законі України «Про державну службу» та інших законах України. 

Очільник апарату суду призначає на посаду та звільняє з посади працівників апарату суду, застосовує до них заохочення та накладає дисциплінарні стягнення.

Заступник керівника апарату здійснює керівництво діяльністю апаратом суду в межах повноважень, визначених керівником апарату суду.

У своїй діяльності апарат суду керується Конституцією України, законами України «Про судоустрій і статус суддів», «Про державну службу», «Про запобігання корупції», Кодексом законів про працю України, іншими законодавчими та нормативно-правовими актами, Положенням про апарат суду, рішеннями зборів суддів, а також наказами і розпорядженнями голови суду, наказами керівника апарату суду.

Структура і штатна чисельність апарату Заводського районного суду м. Миколаєва затверджується Державною судовою адміністрацією України за погодженням з головою суду в межах видатків на утримання суду.